تجسد حدث إحياء مئوية "متحف باردو" سنة 1988 عبر عرض وقتي بعنوان "متحف باردو بين الأمس و اليوم من 1888 إلى 1988". و قد سهرت السيدة "بن عابد" على تجديد القسم البوني و بعث قاعة الكنوز و تركيز إضاءة خلفية على مستوى قاعة "قرطاج".

تم إسناد إدارة المتحف في سنة 1191 إلى الباحث المختص بالحضارة اللوبية البونية السيد "الحبيب بن يونس" (1991-2001) و الذي خلف السيد "جمال الزغلامي" المختص بفترة ما قبل التاريخ و الذي لم تطل فترة إدارته للمتحف. و قد قام "الحبيب بن يونس" بإعادة تنظيم المؤسسات التراثية و توسعة صلاحياتها. و هكذا تم تحقيق عدد من الانجازات بفضل إبرام اتفاقية بين المعهد الوطني للتراث (INP ) والوكالة الوطنية لإحياء التراث و التنمية الثقافية (AMVPPC) و الذي مكن من إعادة تهيئة رواق التوابيت بقسم ما قبل التاريخ و القاعة البونية.

سنة 1995 تم افتتاح قاعة اللباس التقليدي و القبعات التي سهرت على إعدادها مختصة الاتنيات, السيدة "سميرة ﭭرﭭوري ستهم" بمساهمة الديوان الوطني للسياحة التونسية (ONTT).

و قد تمت تهيئة قسم لكنوز المتوسط بالطابق الأول يتمتع برؤية متحفية تعليمية مطابقة لمعايير الحفظ ليحتضن مجموعات حفريات المهدية البحرية المرممة بعد عودتها من جولة فرنسا و ألمانيا (معرض قرطاج بالقصر الصغير بباريس). و لإتمام هذه الانجازات المتحفية, وقع تهيئة هياكل تستقبل الجمهور بالطابق الأرضي لتوفير الرفاهة للزوار.

من بين العروض المؤقتة التي نظمها المتحف نذكر "عودة الديناصورات" و التي تمت بالتعاون مع مدينة العلوم سنة 1995 و التي عرفت نجاحا لدى جمهور الشباب التونسي و الأجنبي. خلال هذه العشرية, تم عرض عدة تحف من المتحف الوطني بباردو خارج البلاد خاصة بمناسبة الاحتفالات البارزة للموسم الثقافي التونسي بفرنسا سنة 1995, الأجنحة التونسية في العروض العالمية باشبيلية (1992)    و "هانوفر" (2000) و قد عرفت هذه المعارض التي حملت عنوان "ألوان من تونس, 25 سنة من خزف قرطاج" صدى طيب لدى الجمهور.

اعد السيد "خالد بن رمضان"المختص بنقود و عملات الفترة العربية الإسلامية و الذي شغل خطة محافظ لمتحف بين سنتي 2001 و 2003, إعادة تهيئة القسم الإسلامي و أدار العروض المؤقتة المنظمة من "متحف باردو" بالتعاون مع الأقسام الثقافية بسفارة ايطاليا بتونس. كما شارك المتحف خلال تلك الفترة, من خلال إقراض بعض معروضاته, في عروض "لاتس" سنة 2001 بعنوان "من المسيحية إلى الإسلام" و "نامور" سنة 2003 بعنوان "الفن التونسي من جذوره إلى اليوم".