Durant cette période des projets de rénovation de certains musées tunisiens dont le Bardo, financés par un prêt contracté par la Tunisie auprès de la Banque Mondiale, ont été lancés dans le cadre de l’application d’une stratégie globale de développement du tourisme culturel.

En Décembre 2003, la direction du musée est confiée à Taher Ghalia, chercheur spécialiste de l’Antiquité  tardive. Une époque de transition s’ouvre ; le musée va être réactualisé jusqu’à devenir la vitrine du patrimoine tunisien, avec le démarrage des études du nouveau projet muséographique et architectural. Une parfaite coordination a pu se faire entre les différents partenaires du projet dont l’étude fut confiée au bureau parisien Codou-Hindley associé à l’architecte tunisien Amira Nouira.

Un programme scientifique est élaboré pour l’exécution d’une muséographie présentée à travers des circuits chronologiques et thématiques, selon des modes d'exposition modernes adaptés aux goûts du grand public.