قامت الحماية الفرنسية, المقامة سنة 1881, بأشغال هامة شملت مجموعة قصور باردو و ذلك في الفترة الممتدة بين سنتي 1885 و 1888.و قد أدى ذلك إلى تحويل داخل القصور إلى قاعات عروض معدة لاستقبال مجموعات وطنية أثرية, تاريخية و عرقية. أعلن تغيير صبغة المكان عبر المرسوم الذي اقره الباي في 25 مارس 1885, و الذي يعلن إنشاء المتحف العلوي و إيوائه بالقصر القديم لحريم "محمد باي". يمثل هذا القرار نتيجة للسياسة المتبعة و العاملة على إعطاء صبغة تراثية للمكاسب الثقافية للبلاد و التي أسسها, منذ 1876, الوزير التونسي الأول, المصلح الكبير "خير الدين باشا", مما يضع نهاية لنشاط هواة جمع التحف الخواص و الذين عرفوا ازدهارا في عهد سلفه "مصطفى خزندار" ( 1837-1873).

و تهدف هذه البادرة إلى إعداد مجموعات متحفية وطنية تمس مختلف الحقب التاريخية للبلاد. تم عرض هذه المجموعات في البداية بفضاءات وقع تهيئتها بقصبة تونس قرب مقر الولاية (دار الباي) و تم نقلها بعد ذلك إلى المتحف العلوي مع إثراء العملية بتأسيس قسم جديد للحرف التونسية وهو مشروع أقره الوزير "خير الدين باشا" بنفسه ليبرز الطابع العتيق و المستدام لخبرة حرفيي ذلك العهد.

و قد قررت الحكومة التونسية و قوات الحماية الفرنسية بعث "إدارة الأثريات و الفنون التونسية" وكلفتها بالاهتمام بالمشروع و ذلك حسب المرسوم الصادر عن الباي بتاريخ 7 نوفمبر1882 . فتح المتحف العلوي أبوابه يوم 7 ماي 1888, بعد ست سنوات من أشغال الترميم و التأهيل و جمع التحف الفنية و الأثرية. و قد افتتحه, صحبة شخصيات فرنسية و في جو احتفالي رسمي, "علي باي" ممثل الحكومة في تلك الفترة.