Le protectorat français établi en 1881, effectue sur l’ensemble des palais du Bardo, de 1885 à 1888, d’importants travaux, transformant les intérieurs en salles d’exposition destinées à accueillir des collections archéologiques, historiques et ethnologiques nationales.

Cette reconversion annoncée par le décret beylical du 25 mars 1885 proclamant la création du musée Alaoui dans l’ancien harem de M’hammed Bey, est l’aboutissement de la politique de patrimonialisation des biens culturels, entamée dès 1876 par le premier ministre tunisien, le grand réformateur Kheireddine Pacha ; ainsi, il mettait fin aux activités des collectionneurs privés du gouvernement de son prédécesseur, Mustapha Khaznadar (1837-73). Cette initiative visait à la constitution de collections muséographiques nationales des différentes périodes de l’histoire du pays.

Exposées en premier lieu dans des locaux aménagés à la Kasbah de Tunis, à proximité du siège du gouvernement (Dar el Bey), ces collections furent transportées au musée Alaoui et s’enrichirent d’un département de l’artisanat tunisien, projet du ministre Kheireddine Pacha lui-même, afin de  mettre en  valeur le caractère ancestral et durable du savoir-faire des artisans de l’époque.

En vertu du décret beylical du 7 novembre 1882, le gouvernement tunisien et les autorités du Protectorat français créèrent de concert, une « Direction des Antiquités et des Arts de Tunisie », à laquelle le projet fut confié.  Après six années consacrées aux travaux de réhabilitation et à la collecte des œuvres, le musée Alaoui ouvrit ses portes le 7 mai 1888, et fut inauguré en grande pompe par Ali Bey alors au pouvoir, accompagné de personnalités françaises.