Dans ce contexte, le musée Alaoui devient le cœur d’un circuit archéologique englobant les grands sites culturels aménagés (Carthage, Dougga, Thuburbo Majus, l’amphithéâtre d’El Jem et Sbeitla), et acquiert ainsi une notoriété internationale par la richesse de ses collections, en particulier celle des mosaïques romano-africaines.

Après le départ du second conservateur administrateur du musée, Emile Bréchot (1928-1948), un changement du profil du conservateur  est décidé.

Son successeur, Pierre Quoniam (1948-1954), ancien membre de l’Ecole française de Rome, est choisi pour ses qualités de chercheur et devient le responsable scientifique du musée, aidé par un gestionnaire. Il est l’initiateur des projets de la nouvelle aile chrétienne, installée dans les anciennes écuries du palais, et de la salle d’Acholla, qui sera aménagée après l’indépendance de la Tunisie en 1956.

En cette période d’après-guerre, des musées régionaux voient le jour en particulier ceux de Sousse et de Sfax, ainsi que certains parcs archéologiques, tel celui des thermes d’Antonin de Carthage, et deviennent par arrêtés, des annexes du musée Alaoui,  facilitant ainsi la gestion et la conservation des pièces antiques.
Des carnets de cartes postales illustrant les collections du musée diffusent ses trésors à travers le monde. Cette opération de médiatisation, bien accueillie par le public, s’est poursuivie après l’indépendance de la Tunisie.