Le palais d’Ali Pacha, centre de l’exercice du pouvoir depuis 1705, devient à l’indépendance de la Tunisie  en 1956, le siège de l’Assemblée Nationale constituante. Le musée Alaoui amputé du plus ancien de ses édifices, change alors de nom ; c’est désormais le Musée national du Bardo qui ouvre ses portes avec à sa direction un jeune professeur d’histoire et de géographie, Abdelaziz Driss (1956-1964).

Ce conservateur remanie entre 1958 à 1962 le deuxième étage du musée, et l’aménage en salles d’exposition de collections  de céramiques  dans la galerie de Carthage ; les murs du couloir menant à la salle d’Acholla sont recouverts d’une importante collection de mosaïques à divers sujets, dont les plus importantes sont les bestiaires des jeux d’amphithéâtre, le combat de Thésée contre le Minotaure, et Diane chasseresse.

Un portique à colonnades, conçu par l’architecte Noureddine  Rebai en 1964, se détache à l’entrée du musée.

M. Mohamed Yacoub (1964-1973), chercheur nouvellement nommé à la tête des musées publics, observe très vite que les entrées au Bardo ne font pas recette ; il s’attelle dès lors à diversifier les ressources directes du musée par la vente de produits dérivés fabriqués dans les ateliers de moulages et de mosaïques du  « Petit Palais ».

Il rédige en 1966 un guide du Musée National du Bardo qui présente, de manière exhaustive, l’ensemble des collections du musée.


Une donation de l’éminent savant Hassen Hosni Abdelwaheb lui permet de réaménager le département arabo-islamique.
A partir de 1973, le Musée National du Bardo devient une institution sous tutelle de L’Institut National d’Archéologie et d’Arts (ex INAA aujourd’hui INP) dans le cadre d’une refonte des statuts des institutions patrimoniales.

Le directeur, M. Mongi Ennaifer (1973-1986), spécialiste de la mosaïque romano africaine, a été l’initiateur d’opérations de prêt des collections du Bardo dans des expositions temporaires à l’étranger.  La plus importante a été celle organisée au  Petit Palais  à Paris en 1977 sous le thème « De Carthage à Kairouan ». M. Ennaïfer crée simultanément un service éducatif au sein du musée, chargé de l’accueil du public scolaire, de l’organisation des ateliers d’animation destinés aux jeunes générations et de la médiatisation des expositions étrangères organisées par le musée dans un espace attenant au palais.  

A cette époque, un local aménagé au sein du musée, accueillait les réunions du  projet du corpus des mosaïques de Tunisie.  Ce programme élaboré avec le Professeur Margareth Alexander tenait compte des contextes archéologiques. C’est ainsi que les mosaïques des sites de Carthage, de Thysdrus (El Jem) ,de Thuburbo Majus et d’Utique, dont certaines sont conservées au Musée National du Bardo, ont été étudiées et republiées selon les normes scientifiques.

De 1986 à 1991, Mme Aicha Ben Abed, spécialiste de la mosaïque romano africaine dirige le musée du Bardo et prend plusieurs initiatives visant à renforcer l’institution muséale. Mme Ben Abed conclut un accord avec le musée régional de Bonn (Allemagne) pour la restauration, selon des critères scientifiques, des collections en bronze et en marbre des fouilles sou- marines de Mahdia, dont l’état de conservation s’était dégradé du fait de leur exposition à l’air libre depuis 1913.